影子工厂实验教学系统以产品形成过程为主线，整个系统的业务流程围绕三个主线展开：以生产为主线、以成本为主线，以物流为主线。
1）以生产为主线：以合同通过评审为起点，启动技术、生产、物资等各方面准备工作。技术部门进行技术设计，针对用户订单进行技术配置，提供生产等后续工作所需的技术资料；生产部门根据合同交货期，采用TOC、JIT的思想，进行主生产计划的编制，粗能力平衡后下达主生产计划、物资需求计划、设备需求计划；车间/分厂围绕主生产计划编制作业计划、下达工票、进行工序检验、统计加工进度。
2）以成本为主线：根据客户对产品的技术要求，结合产品零部件标准成本，实现产品报价；根据合同进行目标成本分解，以指导和控制产品设计（工艺）成本；根据技术部门提供的技术资料进行零部件以及每道工序的工艺成本计算；根据针对用户订单的技术配置进行针对该订单的定额成本计算，作为该订单成本控制和对车间/分厂成本考核的依据；以工号为对象进行产品成本核算（料、工、费）；以部门、产品为对象进行产品成本的考核，动态监控产品成本的发生。
3）以物流为主线：主生产计划下达后，根据物资需求计划，结合物资库存、正在采购的物资、物资安全库存、经济批量等编制物资采购计划；根据采购计划编制物资资金计划；根据物资采购计划，下达采购任务；采购员根据签订的采购合同办理物资入库手续；保管员根据物资限额领用清单进行限额发料；车间/分厂根据完工检验单办理半成品/产成品入库；根据销售发票、产成品出库清单办理产成品出库。
在企业实际运行过程中，三条主线不是孤立存在的，它共同构成企业完整的业务流程：
